没有结婚证有孩子不算合法夫妻。依据《婚姻法》，结婚证是确立夫妻关系的法定证件，未领结婚证属于同居关系。非婚生子女权益虽受保护，但同居关系不受法律保护，若出现财产、抚养权纠纷，处理将更复杂。
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常见处理方式是明确双方关系性质，协商或诉讼解决争议。若双方感情稳定，可补办结婚证；若存在纠纷，应根据具体情况选择协商或法律途径解决，以保护自身及子女权益。
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不算合法夫妻。处理方式：1.感情好可补办结婚证，确立夫妻关系；2.有纠纷先协商，协商不成可通过法律途径解决子女抚养、财产分割等问题；3.关注非婚生子女权益，确保他们得到与婚生子女同等的对待和保护。