合作医疗是否生效需视合同及政策而定。分析：合作医疗的生效时间通常取决于您所签订的保险合同或当地合作医疗政策的具体规定。一般情况下，支付费用后会有一定的等待期，等待期过后保险或政策才会正式生效。因此，要确定2025年1月3日支付的合作医疗是否会起作用，您需要查阅保险合同或相关政策文件，了解具体的生效日期和等待期规定。提醒：若您发现合作医疗在支付后长时间未生效，或遇到医疗需求时无法获得保障，可能表明问题比较严重，应及时联系保险公司或当地合作医疗管理部门，寻求专业解决。
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具体操作：1.查阅合同与政策：仔细阅读您所签订的保险合同或当地合作医疗政策文件，特别是关于生效日期、等待期、保障范围等条款。2.联系保险公司或管理部门：若合同或政策文件不明确，可直接联系保险公司客服或当地合作医疗管理部门，咨询合作医疗的具体生效时间和保障范围。3.申请仲裁或诉讼：若与保险公司或管理部门沟通无果，且涉及较大利益争议，可根据合同中的仲裁条款或相关法律法规，向当地仲裁机构或法院提起诉讼，维护自身合法权益。在此过程中，建议保留好相关证据材料，如合同、支付凭证、医疗记录等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。
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处理方式：从法律角度看，处理合作医疗是否生效的问题，常见方式包括查阅合同、咨询保险公司或当地合作医疗管理部门、以及申请仲裁或诉讼（在必要时）。选择建议：首先，尝试通过查阅合同和政策文件自行解决问题；若无法明确，可联系保险公司或当地合作医疗管理部门咨询；若双方无法达成一致，且涉及较大利益争议，可考虑申请仲裁或提起诉讼。