小股东不同意不影响营业执照延期，需按流程申请。依据《公司法》，股东会决议需代表三分之二以上表决权同意，即可办理延期。不及时处理可能导致公司运营受阻，面临法律处罚。
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小股东不同意可协商。协商无果则：1. 召开股东会，确保三分之二以上表决权同意延期；2. 准备相关材料，如《公司变更登记申请书》等；3. 提交至工商部门办理延期手续。确保流程合规，避免影响公司运营。
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常见处理方式为协商或依法申请延期。若协商不成，可依据《公司法》规定，通过股东会决议办理营业执照延期，确保三分之二以上表决权同意。